시즌1 마지막화에서는 환혼인에 대한 주술때문에 폭주하게 된 무덕이 장욱을 칼로 찌르며 죽이게 되고 그의 시신은 환혼인의 존재를 숨긴 죄로 장례를 치르지 못한 채 광장에서 불타게 된다. 의식이 돌아온 무덕은 경천대호 앞에서 정신을 차리고 호수에 뛰어내린다. 그 뒤, 불에 타고 있던 장욱은 잿더미속에서 멀쩡한 모습으로 살아 나오는데, 이는 장욱의 몸속에  얼음돌이 있기 때문이었다.

그로부터 3년이 지난다. 경천대호에 뛰어 들었던 낙수의 혼은 무덕이의 몸에서 다시 낙수의 몸으로 옮겨졌고, 낙수는 이러한 기억들을 모두 잊은 채 진요원(진부연의 집)에서 눈을 뜬다. 알고 보니 낙수의 혼과 (무의식이 잠재되어있는) 진부연의 혼 모두를 낙수의 몸으로 옮긴 것이었고 일단은 낙수의 혼이 몸을 지배하곤 있지만 그녀 또한 본인이 낙수라는 것을 기억하지 못하고 그저 사람들이 자신을 부르는 대로 진부연으로 스스로를 여긴다.

한편 얼음돌의 힘으로 다시 살아난 장욱은, 무덕을 잃은 슬픔을 간직한채 얼음돌로 얻게된 엄청난 힘을 환혼인들을 처단하는 데 쓴다. 그는 누구보다 강한 힘을 얻은 대신에, 얼음돌 때문에 매일 밤을 춥고 괴로운 환청에 시달리며 자야 한다. 그러다 우연히 환혼인을 쫒다가 진요원으로 숨어 들어가게 되고 우연히 감옥에 갖힌 그녀를 마주치게 된다.

그녀는 자신을 이 감옥으로부터 데리고 나가 달라며 조르지만, 냉소적인 장욱은 이를 거절한다. 하지만 거절하고 나와 어딘가 이상하지만 눈길을 끌던 그녀를 상기하며 자꾸 신경을 쓰게 된다. 그러다가 밖에서 그녀를 우연히 또 마주치게 되는데, 그녀는 자신이 진요원의 장녀인 진부연이고 자신은 신력이 있으니 너를 도울 수 있다며 장욱에게 청혼을 한다. 그녀의 조건은 자신이 이 집으로부터 벗어나게 해달라는 것이었다.

장욱은 고민 끝에 자신의 심장에 있는 얼음돌을 꺼내면 편안히 죽을 수 있기에 진부연의 조건을 받아들이고 추후 필요시에 신력을 발휘해 자신을 도우라고 한다. 그렇게 둘은 혼례를 치룬다.

낙수로서의 기억이 없는데도 자꾸만 장욱이 좋아지는 진부연(고윤정). 장욱도 어딘가 모르게 익숙한 그녀에게 자꾸 마음이 가지만 낙수를 잊지 못했기에 그녀에게 일부러 더 차갑게 대한다. 하지만 진요원에서 너무나도 가학적인 취급을 받는 그녀에게 안쓰러움을 느껴가며 점점 흘러가는 마음을 막지 못한다.

한편 시즌1때 낙수의 어린시절 벗이자 그녀를 좋아했던 장욱의 친구, 서율은 어떠한 계기로 지금의 진부연의 몸속에 낙수의 혼이 들어가 있다는 걸 알게 된다. 하지만 이런 낙수의 혼은 결국 시간이 지나면 진부연의 혼이 낙수의 몸을 지배함에 따라 소멸되기에 이러한 절망스러운 상황을 장욱에게 비밀로 하기로 마음 먹는다.

  한편, 어딘가 모르게 낙수와 닮은 그녀에게 마음이 점점 가던 장욱은 자신을 옛 여자가 아닌 지금의 자신으로 봐달라고 말하는 진부연에게 결국 마음을 표현하게 되고, 그들은 그렇게 서로의 마음을 확인하고 입맞춤을 나눈다.

그러나 행복도 잠시... 진부연은 단향곡에 갔다가 모든 기억을 되찾고 본인이 낙수였으며 마지막에 폭주하여 장욱을 살해했던 게 본인인 것도 기억해낸다. 또한 환혼인이기 때문에 곧 본인의 혼이 소멸된다는 것과 환혼인은 세상에서 용서받지 못할자이기 때문에 더이상 장욱과의 인연은 이어갈 수 없다고 판단한다.

 그렇게 장욱에게 이별을 고하고, 장욱은 이를 받아들일 수 없다. 영문을 모른채 그녀가 왜 이렇게 갑자기 바뀐 것인지 묻지만 그녀는 본인이 옛 기억을 모두 찾았고 그랬기에 예전 좋아했던 남자를 잊지 못해 장욱과는 사랑을 이어갈 수 없다고 말한다. 장욱은 처음엔 그말을 믿지만...결국 여러 단서들로 그녀가 곧 자신이 그토록 사랑했던 낙수라는 것을 알아 내게 된다.

둘은 끝이 어떻게 될지언정 있는 동안 만이라도 아무것도 없던 것처럼 서로 사랑하는 마음만 생각하며 지내기로 한다. 이에 그들은 단향곡에서 불안감은 잠시 접어두고 행복한 시간을 보낸다. 

환혼 시즌2, '빛과 그림자' 부제(제목)의 의미

이에 그들은 진정한 혼례를 치루는데 어릴적 부모님이 지어주신 이름인 조영, 낙수, 무덕... 이중 낙수는 부모님이 지어주신 이름 그대로 조영을 택한다.

여기서 시즌2의 부제가 빛과 그림자인 이유가 밝혀 지는데 장욱의 욱은 빛날 '욱'이며 낙수가 선택한 이름 조영의 영은 그림자 '영'으로 그들의 이름 자체가 빛과 그림자인 것이다.

또한 서로가 빛과 그림자 같은 존재로, 서로에게 구원이자 뗄수 없는 존재라는 의미를 뜻하기도 한다.

환혼:빛과 그림자 시즌2 결말

그들의 결심과 행복도 잠시, 결국 낙수의 몸안에 깃들어 있던 진짜 진부연의 혼이 완전히 각성하게 되고 그녀는 세상의 악한 존재들이 세상을 차지하기 위해 진요원의 모든 요기들을 불러 일으키는데, 그곳으로 가 요기를 진정시킨다.

장욱 또한 진요원으로 와 세상의 악한 존재들(환혼인을 이용해 세상을 지배하려는 자들)과 맞써 싸우고...화살을 이용해 모든 것을 잠재울 수 있도록 화조를 쏴서 없애버린다. 이때 정신을 잃고 쓰러진 진부연(조영, 낙수)은 꿈속에서 진부연을 만나게 되고, 그녀는 세상을 구원한 빛인 그대에게 돌려드리는 그림자라고 말하며 자신이 소멸하고 곧 낙수에게 이 몸을 돌려줄 것이라는 걸 전한다.

그렇게 다시 몸을 되찾은 조영(낙수)와 장욱은 서로가 뗄 수 없는 빛과 그림자 같은 존재임을 입증하며 서로가 함께하는 행복한 삶을 되찾으며 시즌2는 해피엔딩으로 막을 내린다.